En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında, iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elricten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş, diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak, hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward, başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir. Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşını ele geçirmeye çabalayan düşmanları, kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar. General King Bradley komutasındaki ordu birlikleri tarafından bir Homunculus olan Greedin ve adamlarının bulunduğu Şeytanın İnine yapılan baskın tam bir katliamla sonuçlanır. Bu savaşın sonunda Ed ve Alın kafasında bazı soru işaretleri belirmeye başlar. Greed yaratıcısının yanına götürülürken, iki yabancı ortaya çıkar; doğu ülkesi Şindeki büyük çölü aşarak Amestrise ulaşmışlardır. Onlar Felsefe Taşının ve Elric kardeşlerin bile aklına gelmeyecek bir sırrın peşindedirler